家族間で、1つのNintendo Switchを共有しています。ユーザーごとに異なるニンテンドーアカウントを紐付けていますが、有料アイテムはそれぞれで購入する必要がありますか？

はい。
有料アイテムは購入したユーザーのみが利用可能です。